Сюжет

Сюжет в игре тот же самый, что был и в Mortal Kombat 3. Разница лишь в том, что было добавлено несколько новых персонажей и сюжетных линий.

Персонажи

Новые Персонажи

* Джейд (Беки Гейбл) — подруга Китаны, отправлена вместе с Рептилией на поиски бежавшей принцессы
* Китана (Беки Гейбл) — беглая принцесса из Внешнего Мира присоединяется к земным воинам в их борьбе с Каном
* Скорпион (Джон Турк) — ниндзя-призрак вырвавшийся из Преисподней, который не подчиняется никому
* Рептилия (Джон Турк) — всегда верный Кану, он отправлен на поиски Китаны, вместе с Джейд, но в отличие от Джейд имеет приказ убить принцессу

Персонажи вернувшиеся из МК3

* Сайракс (Сэл Дивита)
* Кабал (Ричард Дивицио)
* Найтвулф (Сэл Дивита)
* Сектор (Сэл Дивита)
* Шива (модель, анимированная методом покадровой съёмки)
* Синдел (Лиа Монтелонго)
* Кёртис Страйкер (Майкл О'Брайан)
* Джакс (Джон Парриш)
* Кано (Ричард Дивицио)
* Кунг Лао (Антони Маркез)
* Лю Кенг (Эдди Вонг)
* Соня Блейд (Керри Хоскинс)
* Саб-Зиро (Джон Турк)
* Шанг Цунг (Джон Турк)
* Смоук (Сэл Дивита)

Скрытые персонажи

* Милина (Беки Гейбл) — открывается при помощи Ultimate Kombat code
* Класичесский Саб-Зиро (Джон Турк) — открывается при попмощи Ultimate Kombat code
* Эрмак (Джон Турк) — открывается при помощи Ultimate Kombat code
* Смоук-человек (Джон Турк) — открывается если выбрать Смоука-киборга и зажать на кнопках специальную комбинацию в начале боя.

В аркадной версии после открытия всех трёх секретных персонажей, иногда начинала глючить палитра экрана выбора бойцов (и иногда даже экран Choose Your Destiny). Правда чаще это случается на устаревших эмуляторах, чем в настоящей аркадной версии игры. Также после открытия всех трёх секретных воинов, уровень Scislac Busorez становится первым фоном на котором происходит битва.

Скрытые неиграбельные персонажи

* Нуб Сайбот (Джон Турк) — этот персонаж вернулся в Ultimate Mortal Kombat 3 снова в виде ниндзя, а не закрашенного чёрным Кано, как это было в Mortal Kombat 3. Сразиться с ним можно при помощи Комбат Кода. На некоторых машинах приналлежавших к версии WaveNet, которые находились в основном в Чикаго, при помощи специального кода можно было сыграть за Нуб-Сайбота.
* Рейн — появляется в демо-ролике в начале игры. В Ultimate Mortal Kombat 3 он поддельный скрытый персонаж, которого на самом деле в игре не существует.

Боссы и под-боссы

* Мотаро (модель анимированная методом покадровой съёмки)
* Шао Кан (Брайан Глинн, озвучен Стивом Ричи).

В версиях для Sega Genesis и SNES Рейн и Нуб-Сайбот играбельные персонажи, хотя Шивы в игре нет. Шао Кана и Мотаро также можно выбрать для игры, при помощи специального кода, но только в режиме игры для 2 игроков.

Ultimate Mortal Kombat 3 WaveNet — это редкая сетевая версия обычного Ultimate Mortal Kombat 3. Тесты проходили только на территории Чикаго и Сан-Франциско, поэтому многие люди были не в курсе существования этой версии игры, когда она была выпущена. Эта версия включала некоторые дополнения, которые были доступны даже в игре не по сети. Игра использовала линию типа Т1 (Цифровой Сигнал 1), которая шла напрямую в штаб-квартиру Мидвей в Чикаго. Одна из причин, почему эта версия не получила широкой популярности — это стоимость и редкость линий типа Т1 в то время. Игра была выпущена до того, как были представлены альтернативные способы широкополосной передачи данных. И в то время линии Т1 были единственным способом гарантированно создать широкополосную передачу данных в аркадных залах, хотя игра и не использовала полную пропускную способность кабеля. Мидвей финансировала стоимость кабеля, чтобы сделать автомат дешевле и привлекательнее для владельцев игровых залов.

Очень мала вероятность, что тестовые версии WaveNet были выпущены для публики, после уничтожения сети. Скорее всего не сущетвует дампов РОМов этой игры.