Сюжет

Первые три эпизода повествуют о попытке Уильяма «B.J.» Блазковича бежать из замка Вольфенштайн и свергнуть нацистский режим.

Вооружённый поначалу лишь ножом и пистолетом (отобранных в борьбе у охранника его камеры) B.J. стремится бежать из замка. Убивая офицеров «CC», он получает автомат, а затем и ручной пулемёт, сталкиваясь в конечном итоге с последним стражем — Хансом Гроссом (Hans Grosse, «Большой Ганс»).

Уничтожив Гросса и покинув замок Wolfenstein, B.J. приступает к выполнению операции «Железный кулак» («Operation: Eisenfaust»). С самого начала становится ясно, что действие происходит не в тюрьме: стены покрыты мульчей, главными врагами Блазковица становятся серокожие мутанты с автоматом, имплантированным в грудную клетку. Операцией «Железный кулак», по-видимому, также назывался проект по выращиванию таких мутантов; босс эпизода, доктор Шаббс (Dr Schabbs), бросает в игрока шприцы. Его смерть знаменует собой конец биологической войны. На восьмом уровне в секретной комнате спрятан один Ханс Гросс и надпись «Apogee» (на самом деле в секретном лабиринте скрывается ещё один Ханс Гросс - итого их два на 8 уровне второго эпизода).

«Die, Fuhrer, Die!» — это хронологически последний эпизод. Пробившись сквозь ряды нацистских солдат и атаковав бункер, расположенный под Рейхстагом, игрок имеет удовольствие сразиться с финальным боссом, в роли которого выступает Адольф Гитлер, закованный в огромные механические доспехи.

«The Nocturnal Missions» представляют собой приквел, повествующий о разработке нацистами химического оружия.

В эпизоде «A Dark Secret» игрок охотится за учёным, непосредственно разрабатывавшим это оружие; задача B.J. состоит в том, чтобы проникнуть в исследовательские лаборатории и уничтожить доктора Отто Гифтмахера (Dr. Otto Giftmacher, в переводе с немецкого «Изготовитель яда»), который пытается уничтожить B.J. из ручной ракетницы. На секретном уровне Вас ожидают офицеры-невидимки.

«Trail of the Madman» — это эпизод, отличающийся самыми изысканными интерьерами. Игрок должен выкрасть планы химической войны (нем. Giftkrieg), которые охраняет Гретель Гросс (Gretel Grosse), сестра Ханса. Она выглядит примерно так же, как брат, только одета в розовое, а не синее. Повсюду развешаны портреты Гитлера (в том числе мозаичные), символизирующие вершину его могущества. Все этажи богато и роскошно украшены.

История заканчивается эпизодом «Confrontation», который подводит итог всему, с чем сталкивался игрок на протяжении всей игры. Здесь есть мутанты, Pac-Man и ещё три Гросса, идентичных Хансу (все на секретном уровне). Финальный бой происходит между B.J. и идеологом химической войны, её руководителем и просто «плохим дядей» генералом Феттгезихтом (General Fettgesicht, в переводе с немецкого «Жирномордый»).

Следует отметить, что, несмотря на сюжет, игра, даже если отбросить научно-фантастическую часть, не имеет никакого отношения к реальным нацистским планам и сооружениям. Дизайн интерьера игрового мира полностью вымышлен. По крайней мере три уровня имеют планировку в виде свастики, в том числе один уровень представляет собой несколько свастик, вложенных друг в друга, и на одном из уровней третьего эпизода оставили свои инициалы Джон Ромеро и Том Холл. Тем не менее сюжет игры опирается на реальные, тщательно спланированные, побеги захваченных в плен солдат антифашистской коалиции из подобных тюремных казематов, как, например, замок Колдиц. Также нелишне вспомнить побег знаменитого писателя Станислава Ежи Леца, который в свое время, подобно нашему герою, зарубил лопатой эсэсовца, забрал его оружие и форму и совершил побег.